Durante il dominio aragonese, i garganici appoggiarono (1458) i baroni contro il nuovo re Alfonso, che nel 1462 occupò il Gargano affidandolo a Giorgio Castriota Scanderbeg, alleato del sovrano spagnolo.
Sullo sfondo di questo scenario è sempre presente Venezia, la città marinara che controlla tutti i traffici verso l’Oriente e le coste dell’Adriatico: tra il 1469 e il 1586 Peschici compare in 23 carte e portolani, gran parte dei quali redatte da geografi della Serenissima.
Inoltre, in altri documenti è attestato che a Peschici si costruiscono navi ragusee tra il 1550 e il 1570: «Ser Antonio de Stephano de Ragusio et Ser Marco de Johanne fanno costruire in società una nave de la portata de carra 250. Ditta costruzione debia avvenire in terra Peschize.La dispesa sarà di ducati 500»“In Peschize de Gargano si costruisce una nave pro parte Johannis de Natale de Ragusio, Baroli commorantis”. Il calefatore è Marinus de Ragusio.
Dopo la guerra franco-spagnola per il possesso del regno di Napoli, ma soprattutto dopo le ennesime scorrerie dei turchi, di cui abbiamo testimonianze in un manoscritto di Timoteo Mainardi (Ragioni del Monastero di S. Maria delle Tremiti, 1592), si ricorda nel 1554 la strage di Vieste, in cui ci furono migliaia di vittime, e nel 1567 l’assedio di Tremiti, fu decisa la costruzione di dieci torri lungo le coste della Capitanata.
Cinque anni dopo il numero delle torri sale a 21 e tra esse ci sono quella di Monte Pucci, quella detta dei doganieri a San Menaio e quella di Calalunga, che poi fu diroccata nel 1570. La prima descrizione di Peschici l’abbiamo dal Sarnelli nel 1676: “Terra Baronale. È situata in luogo eminente, e che gode della veduta del mare”. Scrive dell’abitato che è contenuto nelle mura di recinzione: fuori le chiese della Madonna di Loreto e di Santa Maria di Sfilzi, i conventi di Calèna, S. Francesco e S. Niccolò. La siccità o una delle ricorrenti invasioni di cavallette (1663) fecero tante vittime da decimare sensibilmente la popolazione.
Nel ‘700 una lapide posta sul Recinto Baronale, nel centro storico, attesta l’appartenenza di Peschici al principe d’Ischitella Emanuele Pinto. Durante l’insurrezione antiborbonca in tutto il Gargano si costituiscono le vendite, le associazioni carbonare, e nel 1848 il peschiciano antiborbonico-liberale nonché attivo uomo politico, poeta e scrittore Giuseppe Libetta (noto perché comandante del primo bastimento a vapore che osò varcare il Mediterraneo, il Ferdinando I, che salpò da Napoli il 27 settembre 1818) entra nel Parlamento nato dalla Costituzione Sabauda. Al plebiscito del 1860quasi il 40% dei peschiciani votò a favore dei Borboni.